بدأت جامعة طوكيو النظر في زيادة الرسوم الدراسية، وهي خطوة عارضها الطلاب باعتبارها تهديدًا لحرية التعلم وتتم مراقبتها عن كثب بحثًا عن تأثيرات محتملة على الجامعات الوطنية الأخرى.
تم تحديد الرسوم الدراسية في الجامعات الوطنية من قبل كل مؤسسة بناءً على مرسوم وزاري منذ أن تحولت إلى شركات جامعية وطنية في السنة المالية 2004. وتحدد الرسوم الدراسية السنوية القياسية للطلاب الجامعيين بمبلغ 535,800 ين، ويمكن للجامعات تحديد رسومها الدراسية بما يصل إلى 1.2 مرة هذا المبلغ، أي 642,960 ينًا.
رفع معهد طوكيو للتكنولوجيا وجامعة طوكيو للفنون الرسوم الدراسية في السنة المالية 2019، وحذت حذوها جامعات وطنية أخرى مثل جامعة هيتوتسوباشي وجامعة طوكيو للطب وطب الأسنان. حاليًا، تفرض 7 من أصل 86 جامعة وطنية في اليابان رسومًا دراسية أعلى من المستوى القياسي.
بدأت جامعة طوكيو في التفكير في خيار رفع الرسوم إلى الحد الأقصى المسموح به، وذلك بسبب التحديات التي تواجهها إدارة الجامعة وسط انخفاض معدل المواليد والحاجة إلى أموال لتعزيز تدويل البحث والرقمنة، حسبما ذكر أشخاص مطلعون على الأمر.